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杭州市疾控中心测序实验室
06. FastQC
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关于我们
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数据分析笔记
数据分析笔记
第零章 开始之前
第一章 常用工具
第一章 常用工具
01. 基因组公共数据库
02. 下载基因组数据
03. Entrez 工具
04. EMBOSS 工具集
05. Blast 比对
06. FastQC
06. FastQC
Table of contents
使用
07. Multiqc
08. SeqKit 工具
09. Kmer 工具
第二章 组装与比对
第二章 组装与比对
01. 基本比对流程
02. Quast 验证
03. 细菌基因组组装
04. 病毒基因组组装
05. GATK3
06. GATK4
11. 长序列比对
12. 二代三代混合组装
14. bwa 长序列比对
第三章 基因组注释
第三章 基因组注释
01. Prokka 快速注释
02. 在线注释工具 rast
03. 注释工具 PGAAP
04. SNP注释工具 snpEFF
05. COG注释
第四章 基因组比较
第四章 基因组比较
01. mummer
02. nucdiff
03. mauve
04. sibelia
05. ani
10. bigsi
第五章 泛基因组分析
第五章 泛基因组分析
01. Pangenome 概述
02. Get_Homologues 分析
03. BPGA 分析
04. Roary 分析
05. panseq 分析
07. OrthMCL 分析
08. ITEP 分析
第六章 基因组可视化
第六章 基因组可视化
01. igv 查看比对结果
02. BRIG 分析工具
03. circos 工具使用
第七章 综合分析平台
第七章 综合分析平台
01. 基于 docker 镜像
02. Galaxy 平台
03. Amazon EC2 云平台
04. 其他平台
05. anvio
02. galaxy
第八章 重组与种群分析
第八章 重组与种群分析
01. 病毒重组
02. Gubbins 分析
03. BAPS
第九章 细菌扫描工具
第九章 细菌扫描工具
01. SRST2 短序列扫描工具
02. MLST 扫描工具
03. Ariba 耐药基因
04. Abricate 多功能扫描工具
第十章 宏基因组分析
第十章 宏基因组分析
01. kraken
02. centrifuge
03. bracken
04. sourmash
05. clark
06. krona
07. pavian
08. supri
09. shotgun 分析
10. 16S 种群分析
11. KmerFinder
12. Meta-BEETL
第十一章 单分子测序
第十一章 单分子测序
01. nanopore
02. pacbio
03. canu
04. trimming
06. hybrid
第十二章 多重序列比对
第十二章 多重序列比对
01. 多重序列比对
第十三章 进化树构建分析
第十三章 进化树构建分析
00. 构建进化书
01. RAxML
02. figtree
03. ggtree
第十七章 分子地理流行病学
第十七章 分子地理流行病学
04. CartoDB
05. leaflet
第十八章 分析实践
第十八章 分析实践
01. 细菌SNP溯源分析一
02. 细菌比较基因组学研究
第十九章 工具流工具
第十九章 工具流工具
05. workflow工具软件
第二十章 其他
第二十章 其他
02. GI转Accession
专项教程
专项教程
命令行工具下载基因组数据
命令行工具下载基因组数据
01. 简介
02. 下载Assembly
新冠病毒分析平台
新冠病毒分析平台
01. nextclade
02. nextstrain
Linux入门
Linux入门
01. Linux 安装示例
02. Linux 基本命令
03. Linux 软件管理
04. awk 列处理工具
05. sed 行处理工具
06. 其他命令行工具
07. vim
常用编程语言
常用编程语言
01. Shell 脚本
02. Perl 编程
03. Python 编程
04. Biopython 编程
05. R 编程
数据文件格式
数据文件格式
01. fasta
02. embl
03. fastq
04. gcg
05. sam
06. bam
07. bed
08. vcf
09. gff
10. cram
实验手册
实验手册
ArticNetwork Covid-19测序
关于我们
关于我们
Table of contents
使用
FastQC
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Mark Renton
更新于: 2020-09-14
使用
¶
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conda
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$
fastqc
1_1.fastq.gz
1_2.fastq.gz