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Quast 质量分析

Mark Renton 更新于: 2020-09-14

安装

# Quast 依赖 python2.x，因此新建一个 virtualenv
$ conda create -n quast
$ conda activate quast
(quast)$ conda install quast

使用

# -o 制定输出目录 contig.fa 为拼接结果序列
$ quast -o outdir assembly/contig.fa
# 浏览器打开报告
$ chromium outdir/report.html
  • N50: Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序，将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*½时，Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。
  • N75: 与N50方法一致，不过长度为超过Contigs总长度75%时的contig序列长度。
  • L50: 为获得N50时contigs数量。
  • L75: 为获得N75时contigs数量。