ARIBA¶

Mark Renton 更新于: 2021-02-01

内容简介

Ariba 工具是由 Sanger 测序中心病原微生物开发组开发的用于基因组数据扫描的工具。主要用于耐药基因的扫描，也可以用来对特定基因扫描（如MLST管家基因）。

1. 安装¶

版本：

python: 3.6.12
ariba: 2.14.6
bowtie2: 2.3.5
cd-hit: 4.8.1
mummer: 3.23

# 新建虚拟环境
$ conda create -n ariba
$ conda activate ariba

# 安装ariba及其依赖包
(ariba)$ conda install ariba

2. 使用¶

获得数据库

# 定义数据库路径
$ export DBS=your-database-path

# 下载耐药和毒力基因数据库文件
(ariba)$ mkdir $DBS/ariba
(ariba)$ for i in argannot card megares plasmidfinder resfinder srst2_argannot vfdb_core vfdb_full virulencefinder
> do ariba getref $i $DBS/ariba/$i
> done
# 格式化数据库文件生成ariba可用的数据库
# 这里以card为例，其他数据库进行相应格式化
(ariba)$ ariba prepareref -f $DBS/ariba/card.fa -m $DBS/ariba/card.tsv card

# 下载PubMLST数据库
(ariba)$ mkdir $DBS/ariba/pubmlst
(ariba)$ ariba pubmlstspecies > $DBS/ariba/pubmlst/species.txt
# 批量下载所有物种pubmlst数据信息
(ariba)$ IFS=$'\n'; for i in `cat $DBS/ariba/pubmlst/species.txt`; do ariba pubmlstget $i $DBS/ariba/pubmlst/$i; done
# PubMLST数据在用pubmlstget过程中已经格式化完成，可以直接使用。

分析数据

# 分析 reads mlst
(ariba)$ ariba run "$DBS/ariba/pubmlst/Salmonella enterica/ref_db" S1_1.fastq.gz S1_2.fastq.gz S1_output

# 分析耐药数据
(ariba)$ ariba run "$DBS/ariba/card" S1_1.fastq.gz S1_2.fastq.gz S1_output

生成多个样本报告

(ariba)$ for i in `ls *_1.fastq.gz`; do ariba run $DBS/ariba/card $i ${i%_1.fastq.gz}_2.fastq.gz ${i%_1.fastq.gz}_output; done
(ariba)$ ariba summary result *_output/report*.tsv

构建自定义数据库

# 准备数据库序列文件和meta数据

# 格式化序列和meta数据生成数据库
(ariba)$ ariba prepareref -f myseq.fa -m meta.tsv mydata
(ariba)$ ariba run mydata Sample1_1.fq.gz Sample1_2.fq.gz output

结果分析¶

Reference¶

ariba