Kraken 使用简介¶

Mark Renton 更新于: 2020-12-13

内容简介

Kraken 是一个序列taxnomic分类软件，可以用来做宏基因组分析，也常用来做微生物测序序列污染鉴定。

本文使用软件版本：

kraken2: v2.1.0
braken : v2.5.0

1. 安装¶

kraken2 是目前最新的版本，这里使用 conda 方式安装。

# 新建 conda 环境，安装 kraken2 和 bracken
$ conda create -n kraken kraken2 bracken
$ conda activate kraken
# 下载 minikraken 数据库
(kraken)$ wget https://www.ccb.jhu.edu/software/kraken2/dl/minikraken2_v2_8GB.tgz
# 将数据库解压缩至指定目录，这里放在$HOME/dbs/minikraken2
(kraken)$ tar -zxf minikraken2_v2_8GB.tgz -C $HOME/dbs/minikraken2

2. 使用¶

使用kraken2需要用--db指向其数据库，比如微生物鉴定常用 minikraken2 数据库。用--report参数生成结果报告。

# 对宏基因组组装结果 assembly.fna 序列进行扫描
(kraken)$ kraken2 --use-names --threads 4 --db $HOME/dbs/minikraken2 --report report.txt assembly.fna > result.kraken
# 对测序reads数据进行扫描
(kraken)$ kraken2 --use-names --threads 4 --db $HOME/dbs/minikraken2 --report report2.txt --fastq-input --paired S1_R1.fq.gz S1_R2.fq.gz > result2.kraken

bracken 是采用贝叶斯算法的 kraken 丰度评估软件。

# 采用kmer方式对已建立kmer索引的物种数据库进行比对，获得序列对应物种
(kraken)$ wget https://ccb.jhu.edu/software/bracken/dl/minikraken2_v2/database200mers.kmer_distrib
(kraken)$ mv database200mers.kmer_distrib $HOME/dbs/minikraken2
(kraken)$ bracken -d $HOME/dbs/minikraken2 -i kraken2.report -o bracken.species.txt -l S