centrifuge¶
更新于: 2020-09-14
内容简介
Centrifuge 是一个序列taxnomic分类软件，可以用来做宏基因组分析，也可以用来做微生物测序序列污染鉴定。
- 版本: v1.0.3 beta
安装¶
# 新建一个虚拟环境，安装 centrifuge
$ conda create -n centrifuge centrifuge
# 进入虚拟环境
$ conda activate centrifuge
# 下载数据库
(centrifuge)$ aria2c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/centrifuge/data/p_compressed+h+v.tar.gz
# 解压缩数据库文件
(centrifuge)$ tar zxvf p_compressed+h+v.tar.gz -C $HOME/dbs/centrifuge
使用¶
<<<<<<< HEAD 对测序数据或者fasta序列进行物种鉴定扫描。
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# 扫描 fasta 序列 (centrifuge)$ centrifuge -x $HOME/dbs/centrifuge/p_compressed+h+v -U example.fa --report-file report.txt -S results.txt # 扫描 fastq 序列 (centrifuge)$ centrifuge -x $HOME/dbs/centrifuge/p_compressed+h+v -U S1_R1.fastq --report-file S1_R1-report.txt -S S1_R1-results.txt # 扫描多个 fastq 序列 (centrifuge)$ for i in *.fq.gz; do zcat $i >> total.fq.gz; done (centrifuge)$ centrifuge -x $HOME/dbs/centrifuge/p_compressed+h+v -U total.fq.gz
对序列结果进行分析。可以用 --report-file 参数生成的报告文件，里面将各个物种进行了汇总。或者用centrifuge-kreport工具将reads扫描的结果默认文件 centrifuge_report.tsv 转换成 kraken 格式的物种分类树状结果。这个数据结果可以用pavian等进行数据可视化。