KmerFinder 使用¶
更新于: 2020-09-15
内容简介
本节简单介绍 KmerFinder 工具的使用。KmerFinder 是DTU大学开发的物种鉴定工具，可以对fastq/fasta数据进行扫描，利用kmer频度的方法与数据比对，鉴定物种。这个工具的在线版本是：https://cge.cbs.dtu.dk/services/KmerFinder/
对于普通用户来说，直接使用在线版分析工具是最方便的方式。但是如果需要鉴定多个样本或数据集，使用本地分析的方式会更为快速。
命令行方式¶
1.安装¶
# 建立虚拟环境
$ conda create -n kmerfinder
$ conda activate kmerfinder
# 安装kma工具
(kmerfinder)$ conda install kma
# 下载kmerfinder
(kmerfinder)$ git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kmerfinder.git
# 下载数据库
(kmerfinder)$ cd kmerfinder && mkdir database
# 这里设置数据库地址为 /dbs/kmerfinder
(kmerfinder)$ mkdir /dbs/kmerfinder && cd /dbs/kmerfinder
# wget 递归下载20190108版本的所有数据
(kmerfinder)$ wget -r ftp://ftp.cbs.dtu.dk/public/CGE/databases/KmerFinder/version/20190108_stable/
# 你也可以访问ftp://ftp.cbs.dtu.dk/public/CGE/databases/KmerFinder/version/
# 选择最新的数据作为数据库
# md5验证下载数据
(kmerfinder)$ for i in *.gz; do if [ "$(md5sum $i | awk '{print $1}')" != "$(cat ${i}.md5)" ]; then echo $i "data wrong"; fi; done
# 解压缩数据库并删除压缩包
(kmerfinder)$ tar -zxf *.tar.gz
(kmerfinder)$ rm *.tar.gz
# 利用脚本下载
(kmerfinder)$ git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kmerfinder_db.git
(kmerfinder)$ cd kmerfinder_db/
(kmerfinder)$ bash install.sh
2.运行¶
使用 python 脚本运行
# 设置数据库路径
(kmerfinder)$ KmerFinderDB=/dbs/kmerfinder
# 对fastq进行扫描
(kmerfinder)$ python kmerfinder.py -i mydata.fastq.gz -o output -db $KmerFinderDB
# 检索 fasta 数据
(kmerfinder)$ cd KmerFinder
(kmerfinder)$ python3 kmerfinder.py -o result -db /dbs/kmerfinder/bacteria.ATG -i genome.fna
# 生成的结果
(kmerfinder)$ cat result/results.spa
# 检索 fastq 数据
(kmerfinder)$ python3 kmerfinder.py -o result -db /dbs/kmerfinder/bacteria.ATG -i Reads.fastq
# 生成的结果
(kmerfinder)$ cat result/results.spa
生成结果文件：
- data.json
- results.spa
docker 提供在线检索¶
建立服务器，提供web页面访问，用docker安装配置更为方便。