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杭州市疾控中心测序实验室

03. canu

杭州市疾控中心测序实验室

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数据分析笔记
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- 第零章开始之前
- 第一章常用工具
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- 第二章组装与比对
  第二章组装与比对
- 第三章基因组注释
  第三章基因组注释
- 第四章基因组比较
  第四章基因组比较
- 第五章泛基因组分析
  第五章泛基因组分析
- 第六章基因组可视化
  第六章基因组可视化
- 第七章综合分析平台
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- 第八章重组与种群分析
  第八章重组与种群分析
- 第九章细菌扫描工具
  第九章细菌扫描工具
- 第十章宏基因组分析
  第十章宏基因组分析
- 第十一章单分子测序
  第十一章单分子测序
  - 01. nanopore
  - 02. pacbio
  - 03. canu 03. canu
    Table of contents
    
    使用
  - 04. trimming
  - 06. hybrid
- 第十二章多重序列比对
  第十二章多重序列比对
  - 01. 多重序列比对
- 第十三章进化树构建分析
  第十三章进化树构建分析
- 第十七章分子地理流行病学
  第十七章分子地理流行病学
  - 04. CartoDB
  - 05. leaflet
- 第十八章分析实践
  第十八章分析实践
  - 01. 细菌SNP溯源分析一
  - 02. 细菌比较基因组学研究
- 第十九章工具流工具
  第十九章工具流工具
  - 05. workflow工具软件
- 第二十章其他
  第二十章其他
  - 02. GI转Accession
专项教程
专项教程
- 命令行工具下载基因组数据
  命令行工具下载基因组数据
  - 01. 简介
  - 02. 下载Assembly
- 新冠病毒分析平台
  新冠病毒分析平台
  - 01. nextclade
  - 02. nextstrain
- Linux入门
  Linux入门
- 常用编程语言
  常用编程语言
- 数据文件格式
  数据文件格式
  - 01. fasta
  - 02. embl
  - 03. fastq
  - 04. gcg
  - 05. sam
  - 06. bam
  - 07. bed
  - 08. vcf
  - 09. gff
  - 10. cram
实验手册
实验手册
- ArticNetwork Covid-19测序
关于我们
关于我们

Canu¶

使用¶

$ canu -p lm -d lm genomeSize=5m useGrid=false -nanopore-raw sample_lm.fasta