gapit 文档
gapit 筛查 contig 文件和 FASTQ reads 中的已知基因：AMR（抗微生物药物耐药性）、毒力、
血清型、质粒复制子、物种靶点，或任意自定义数据库。它是 abricate
的 agent 优先 Python 重实现：stdout 输出 abricate 兼容的 TSV，同时提供带版本号 schema
的一等 JSON 与 Markdown 输出。
页面
| 页面 |
内容 |
| 安装 |
PyPI wheel 与 pixi 两条安装路径、外部二进制依赖、安装验证、数据库引导、shell 补全 |
| 快速开始 |
在离线环境下用测试夹具数据库完成一次完整的首个会话 |
| contig 筛查 |
对 FASTA/GBK/EMBL 输入运行 gapit screen：阈值、过滤器、输出格式 |
| reads（FASTQ）筛查 |
FASTQ 与 assembly FASTA 走 minimap2：--r1/--r2、预设参数、基于广度的存在判定、两阶段普查 |
| 汇总报告 |
gapit summary：把多份报告表折叠成基因存在/缺失矩阵 |
| 数据库 |
数据库目录（NAME 与上游 PROVIDER）、gapit db fetch/list/install、数据目录、原生 gapit/v1 格式、基因簇数据库（GBK/GFF、typing.json、kaptive） |
| 自定义数据库 |
gapit db build 实战演练：任意 FASTA 变成可筛查的数据库，完整示例 |
| 分型方案 |
两阶段判定流水线（gapit screen 而后 gapit typing）与 gapit.typing/2——rule/scheme 原语、六方案实战手册（Doumith、ShigaTyper、meningotype、副溶血弧菌 O/K、霍乱弧菌、DEC）、等位基因探针技巧、校准 |
| 输出 |
TSV/JSON/Markdown 格式、schema、错误信封、退出码 |
| MCP 服务器 |
gapit mcp：通过 stdio JSON-RPC 为 agent 运行时提供分析 + 数据库工具 |
| 面向 agent 的指南 |
自主 agent 如何消费 gapit：schema、自省、错误处理 |
| 常见问题 |
常见问题、与 abricate 的差异、故障排查 |
命令
| 命令 |
作用 |
文档 |
gapit screen |
筛查 contig 文件或 FASTQ reads 中的已知基因 |
筛查 |
gapit typing |
从筛查结果表判定表型（typed 基因数据库） |
分型方案 |
gapit summary |
把一份或多份报告表汇总成基因存在/缺失矩阵 |
汇总报告 |
gapit db fetch |
抓取并构建数据库到数据目录（kaptive 基因簇数据库在抓取时下载） |
数据库 |
gapit db list |
列出已知数据库（NAME、上游 PROVIDER、安装状态） |
数据库 |
gapit db install |
校验 SHA256 后安装本地文件 |
数据库 |
gapit db build |
从基因 FASTA 构建数据库，或从 GBK/GFF 位点构建基因簇数据库（可选配 --typing 表型评分规范） |
自定义数据库 |
gapit setupdb |
为数据目录下的所有数据库构建 BLAST 索引 |
本页 |
gapit schema |
打印 gapit 输出文档的 JSON Schema（report、typing_result、reads、reads2、cluster、summary、error、version、features、typing、floors） |
输出 |
gapit mcp |
运行 MCP stdio 服务器（同时安装为 gapit-mcp console script） |
MCP 服务器 |
项目文档