快速安装
从零搭建 gside 到跑通物种鉴定。预计耗时 5~15 分钟（含数据库）。
前置条件
- Linux x86_64
- pixi（管理生信 CLI 工具）
- Python ≥ 3.12
安装步骤
1. 克隆仓库
git clone https://github.com/indexofire/gside.git
cd gside
2. 生信工具环境
pixi install
自动拉取 blast / skani / mash / sourmash / mmseqs2 等。
3. Python 包
pip install -e .
4. 验证
gside --version
gside db status # markers 应为 ✅
数据库
gside 采用分层数据库设计：
| Tier | 内容 | 大小 | 状态 |
|---|---|---|---|
| mini | 标记规则 + 序列 + BLAST 库 | ~1MB | ✅ 随仓库分发 |
| panel | 精选参考面板（skani sketch，291 基因组） | ~130MB | 需 gside db setup |
| mash | RefSeq MinHash sketch | ~179MB | 需 gside db setup |
| all | panel + mash | ~310MB | 一次性全装 |
详见数据库管理。