Supri¶

Mark Renton 更新于: 2020-09-14

内容简介

Supri 是一个老牌的宏基因组序列扫描软件，创建它之初是用来做临床上病原微生物序列检索的。

SUPRI 是主要用来对临床样品的 shotgun metagenomics 测序数据中寻找并鉴定病原的工具。它有2种模式：Fast mode 和 Comprehensive mode。前者可以快速对测序的 reads 进行 Mapping，找到细菌或病毒 reads。后者分析更为详细，除了细菌病毒外还比对了真菌，寄生虫等其他物种数据库，并且进行de novo assembly，对contig也进行 Mapping，虽然耗时更长，但可以获得覆盖度，taxonomic 分类等信息。

1.安装依赖工具¶

先要安装依赖工具：

2.安装 SUPRI¶

$ wget https://github.com/chiulab/surpi/releases/download/v1.0.18/surpi-1.0.18.tar.gz
$ tar zxf surpi-1.0.18.tar.gz -C surpi

3.建立数据库¶

$ mkdir -p SNAP_db
$ create_taxonomy_db.sh

4.运行SURPI¶

$ SURPI.sh -z input.fastq
$ ./go_input &

5.输出结果¶

当以 Comprehensive mode 运行后，会产生以下文件夹：

DATASETS_input
deNovoASSEMBLY_input
LOG_input
OUTPUT_input
TRASH_input

结果文件在OUTPUT_input文件夹里，“.annotated” 文件是 SAM 格式或者 -m8 格式的比对结果, taxonomic 信息也在文件中的最后一行中。 “.counttable” 文件是 tab 分割的总结文件。每一行表示不同层面的 taxonomic 注释信息。

参考资料¶

SUPRI official