Skip to content

GFF 格式数据

Mark Renton 更新于: 2020-09-14

GFF（General Feature Format，通用特征格式）基于Sanger GFF2规范。 GFF格式内有九个必填字段，必须以制表符分隔。 如果字段由空格而不是制表符分隔，则轨道将无法正确显示。 有关GFF格式的更多信息，请参阅Sanger的GFF页面。

GFF格式字段：

  1. seqname - 序列的名称。
  2. source - 生成数据的程序。
  3. feature - 此类功能的名称。
  4. CDS
  5. start_codon
  6. stop_codon
  7. exon
  8. start - 序列中要素的起始位置。第一个基数编号为1。
  9. end - 要素的结束位置。序列长度100bp，则结束位置是100。
  10. score - 得分在0到1000之间。如果此注释数据集的轨迹线useScore属性设置为1，则得分值将确定显示此要素的灰度级别（较高的数字=较深的灰色）。如果没有得分值，请输入.
  11. strand - +，-或.
  12. frame - 如果是编码外显子/基因，则应为0-2之间的数字，表示第一个碱基的读数帧。如果该特征不是编码外显子，则该值应为“。”。
  13. group - 具有相同组的所有行都链接在一起成为一个项目。

下面是一个 prokka 注释生成的gff部分

chr22   TeleGene    enhancer    10000000    10001000    500 +   .   touch1
chr22   TeleGene    promoter    10010000    10010100    900 +   .   touch1
chr22   TeleGene    promoter    10020000    10025000    800 -   .   touch2