安装¶
gmeta 是一个驱动外部生信工具的 Python 3.12 包。两种安装方式覆盖所有场景：
仓库自带 pixi.toml，固定了全部外部工具——kraken2、bracken、sylph、fastp、
minimap2、bowtie2、samtools——以及 Python 包本身：
git clone https://github.com/indexofire/gmeta
cd gmeta
pixi install # 默认环境：工具 + gmeta
pixi run -e dev test # dev 环境：另含 pytest/ruff/pyright/mkdocs
解析/报告层是纯 Python；只有 gmeta run 和覆盖度计算会调用外部程序：
pip install gmeta # 依赖 click/pydantic/jinja2/openpyxl/weasyprint
工具从 PATH（或 GMETA_PIXI_BIN）解析；PDF 输出还需要系统 pango。
东西都装在哪¶
| 路径 | 内容 |
|---|---|
src/gmeta/data/ |
中文名映射表、重点病原列表 |
src/gmeta/templates/ |
Jinja2 报告模板（HTML 与 PDF 共用） |
$GMETA_DB_DIR |
数据库根目录（仓库检出：<repo>/data/db；pip 安装：~/.local/share/gmeta/db） |