CLI 参考¶
全局参数（子命令之前）：-V/--version（-J 输出 JSON）、-v/--verbose、
-q/--quiet、-h/--help。所有命令接受 -t/--threads（默认 4）。
run¶
从 FASTQ 跑全流程：fastp 质控 → bowtie2 去宿主（可选）→ 物种分析 → 报告。
# 单样本
gmeta run sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz \
-s SAMPLE-001 -m kraken2 \
-D /data/db/kraken2 --host-index /data/db/host/grch38 \
-f json -f html -f xlsx -f pdf \
-O gmeta-out/SAMPLE-001 -t 16
# 批量：清单（每行 sample_id<TAB>r1[<TAB>r2]），4 个样本并行
gmeta run -S samples.tsv -m kraken2 -D /data/db/kraken2 -J 4 -O gmeta-out
# 批量：按 mate 标记分组的位置参数（A_R1 A_R2 B_R1 B_R2 → A、B 两个样本）
gmeta run A_R1.fq A_R2.fq B_R1.fq B_R2.fq -m kmcp -D /data/db
批量运行按样本写目录（<outdir>/<sample>/…），stdout 每样本一行 JSON
（-J 并行也保持清单顺序）；单样本失败输出 {"sample": …, "error": …}，
不中断整批。
| 参数 | 含义 |
|---|---|
-s/--sample-id |
样本编号（单样本运行；批量模式从文件名推导） |
-S/--samples |
批量清单：每行 sample_id<TAB>reads [<TAB>reads2] |
-J/--jobs |
批量运行的并行样本数（默认 1） |
-m/--method |
kraken2（默认）/ sylph / centrifuge / kaiju / metaphlan / kmcp |
-D/--db-dir |
分析软件数据库根目录；默认 $GMETA_DB_DIR |
--host-index |
bowtie2 宿主索引前缀；省略则跳过去宿主 |
-O/--outdir |
输出目录（单样本：gmeta-out/ |
-f/--format |
报告格式，可重复：json html xlsx pdf（默认 json+html） |
--sample-type --platform --lab --operator --sequencing-date |
写入报告的元数据 |
中间产物保存在 <outdir>/pipeline/（kreport.txt、bracken.txt、centrifuge.tsv、
kaiju.*.tsv、profile.tsv …），供报告引用与复查。
report¶
从已有结果出报告——不重跑。
gmeta report -s SAMPLE-001 --kreport k.txt --bracken b.txt --fastp-json f.json
gmeta report -s SAMPLE-001 --metaphlan profile.txt -o SAMPLE-1.report.html
| 参数 | 含义 |
|---|---|
--kreport / --bracken |
kraken2 输出（单独提供也可以） |
--fastp-json |
报告用的 QC 指标 |
--sylph-profile |
sylph profile TSV |
--centrifuge |
centrifuge 原生 report |
--kaiju / --kaiju-genus |
kaiju2table 种级 / 属级表 |
--metaphlan |
MetaPhlAn profile |
--kmcp |
KMCP profile TSV |
-o/--output |
输出文件；格式按扩展名（.json/.html/.xlsx/.pdf），默认 JSON 到 stdout |
--top / --min-fraction |
行过滤（默认 50 / 0.0） |
net build¶
识别网上报工作簿——见识别网导出。
db¶
gmeta db list # 数据库位置与状态
gmeta db fetch [TARGETS]... # 生成下载脚本（不执行）
fetch 目标：kraken2 centrifuge kaiju metaphlan kmcp sylph taxdump host 或
all。选项：-O/--out-dir（默认 db-fetch）、--db-root（写进脚本的安装根目录）。
见数据库。