识别网导出

gmeta net build 把分析软件的结果转换成国家致病菌识别网"混合样本"上报工作簿。

输出

每个工作簿两个 sheet：

混合样本 —— 与模板一致的 8 列：

样本名称	属中文名	属序列数	属相对丰度	种中文名	种序列数	种基因组覆盖度	种相对丰度

样本名称仅在每个样本首行填写（模板风格）；丰度是百分比字符串（48.23%）， 覆盖度是 0–100 浮点数。

审核明细 —— 拉丁名、TaxID、accession、参考基因组路径/长度、平均深度、 1x 覆盖度：上报 sheet 刻意省略的全部信息。

示例

# kraken2 kreport，自动识别格式
gmeta net build kraken/*.report -o 识别网上报.xlsx --split-dir result/

# 多软件混用——每个文件独立嗅探
gmeta net build kraken/a.report centrifuge/b.txt kmcp/c.tsv -o 识别网上报.xlsx

# 含种基因组覆盖度
gmeta net build kraken/*.report \
  --reads-dir raw_reads --manifest ref_genome_manifest.csv \
  -o 识别网上报.xlsx --split-dir result/ --details coverage_details.tsv

各软件的语义

软件	属序列数来源	种相对丰度来源
kraken2 kreport	属 clade 行（真实计数）	kreport 百分比
centrifuge 原生	report 中的属行	abundance 列
kaiju（+--kaiju-genus）	属级 kaiju2table	percent 列
metaphlan	g__ 行	relative_abundance
kmcp	种读数聚合（按参考行格式）	percentage（聚合后）

软件没有属级行时（kmcp、未附属表的 kaiju），属计数由该属的种读数聚合—— 该格式下最诚实的估计。

参考基因组缺失时覆盖度单元格留空并打印 taxid；行本身照常输出。

参数

参数	含义
--profiler	强制指定格式（auto/kraken2/bracken/centrifuge/kaiju/metaphlan/kmcp/sylph）
--kaiju-genus	kaiju2table 属级表，提供真实属计数
--top	每样本物种行数（默认 10）
--reads-dir + --reads-pattern	覆盖度用的原始 reads
--manifest / --ref-dir	参考基因组
--split-dir	每样本一个工作簿
--details	额外的覆盖度 TSV
--per-species	每个参考独立比对（精确、慢）
--min-depths	覆盖度阈值（默认 1,5,10）
--preset	minimap2 读段预设：sr / map-ont / map-pb