文件格式

gmeta 解析的输入

kraken2 kreport（制表符分隔，无表头）

100.00  100000  0     R  1    root
 40.00  40000   40000 S  9606   Homo sapiens
 30.00  29500   500   G  641     Vibrio
 25.00  25000   25000 S  662       Vibrio cholerae

列序：百分比 | clade 读段数（含子层级） | 直接读段数 | rank 代码 | taxid | 缩进名称。名称缩进就是树——种按缩进深度与最近属祖先配对。R/U 行给出 分类/未分类总数。也接受空格对齐和无 taxid 的变体。

bracken

表头 name tax_id taxonomy_lvl kraken_assigned_reads added_reads new_est_reads fraction_total_reads；仅种行（S）。fraction 列是百分数 （总和 ~100）；量纲自动探测，0..1 输入也能解析。

centrifuge 原生 report

name taxID taxRank genomeSize numReads numUniqueReads abundance，无表头。 taxRank 为 species/genus 的行进入识别网适配层；abundance 列（0..1）优先于 读数重算。

kaiju2table

表头 file percent reads taxon_id taxon_name；taxon_name 可以是 "; " 连接的 谱系。用 -l species 生成（属级表用 -l genus）。

MetaPhlAn profile

#clade_name NCBI_tax_id relative_abundance [additional_species] 行 （g__… 属、s__… 种）。rel_ab_w_read_stats 增加的 estimated_number_of_reads_from_the_clade 按表头名解析。

KMCP profile（17 列）

ref percentage coverage score chunksFrac chunksRelDepth chunksRelDepthStd reads ureads hicureads refsize refname taxid rank taxname taxpath taxpathsn。需要 taxid（+taxname 或 refname）；按参考的行按 taxid 聚合。

sylph profile

表头含 Genome_file、Adjusted_ANI、Eff_cov、Taxonomic_abundance。

gmeta 写出的输出

识别网工作簿（xlsx）

混合样本 sheet：样本名称 | 属中文名 | 属序列数 | 属相对丰度 | 种中文名 | 种序列数 | 种基因组覆盖度 | 种相对丰度——丰度为 48.23% 字符串，覆盖度为 0–100 浮点数，样本名称仅在每个样本首行填写。 审核明细 sheet：样本名称 | 属拉丁名 | 属中文名 | 种拉丁名 | 种中文名 | TaxID | 属序列数 | 种序列数 | 种相对丰度 | accession | 参考基因组 | 参考基因组长度 | 平均测序深度 | 覆盖度1x(%)。

报告文件

.json —— MetaReport。.html —— 自包含 Jinja2 模板。 .xlsx —— 检测概览 + 物种检出 sheet。.pdf —— HTML 模板的 WeasyPrint 渲染。

下载脚本（db fetch）

每个目标一个 fetch-<tool>.sh：set -euo pipefail、可续传下载函数、安装到 $GMETA_DB_DIR、目录结构校验，外加 run_all.sh。