使用¶
三个命令族共享同一套解析器与报告模型：
| 命令 | 输入 | 输出 |
|---|---|---|
gmeta run |
FASTQ | 流程：质控 → 去宿主 → 物种分析 → 报告 |
gmeta report |
分析结果文件 | JSON/HTML/Excel/PDF 报告 |
gmeta net build |
分析结果文件 | 识别网上报工作簿 |
方法矩阵¶
六个分析软件都同时支持执行（gmeta run -m <method>）和导入
（gmeta report / gmeta net build）：
| 方法 | 执行 | 导入格式 |
|---|---|---|
| kraken2 + bracken | ✅ | kreport、bracken 表 |
| sylph | ✅ | profile TSV |
| centrifuge | ✅ | 原生 report、kreport（经 centrifuge-kreport） |
| kaiju | ✅ | kaiju2table（种级 + 属级） |
| metaphlan | ✅ | profile（rel_ab / rel_ab_w_read_stats） |
| kmcp | ✅ | compute profile TSV（17 列） |