快速开始¶
1. 安装¶
cd gmeta
pixi install
2. 检查工具解析¶
pixi run gmeta -V
pixi run gmeta db list # 显示 kraken2/sylph 数据库位置
3. 从 FASTQ 跑全流程¶
pixi run gmeta run sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz \
-s SAMPLE-001 \
-D /data/db/kraken2 \
--host-index /data/db/hg19 \
-f json -f html -f xlsx -f pdf \
-O gmeta-out/SAMPLE-001
流程：fastp 质控 → bowtie2 去宿主 → kraken2 + bracken → 按所选格式出报告
（<sample>.report.<fmt>），结果 JSON 打到 stdout。
4. 从已有结果出报告¶
已经在别处跑过 kraken2？直接导入：
pixi run gmeta report -s SAMPLE-001 \
--kreport kreport.txt --bracken bracken.txt --fastp-json fastp.json \
-o SAMPLE-001.report.html # 格式按扩展名分发
5. 监测上报工作簿¶
pixi run gmeta net build kraken/*.report \
--reads-dir raw_reads \
--manifest ref_genome_manifest.csv \
-o 识别网上报.xlsx --split-dir result/
- 混合样本 sheet：与模板一致的 8 列（属/种中文名、序列数、相对丰度、种基因组覆盖度）， 样本名称仅在每个样本首行填写。
- 审核明细 sheet：拉丁名、TaxID、accession、参考基因组路径、平均深度。
--split-dir：每样本一个单 sheet 工作簿（每行填样本名）。